Una de las principales desventajas es el alto contenido de azúcar, incluso en los zumos naturales.
Esto puede provocar niveles elevados de azúcar en sangre y, con el tiempo, el desarrollo de problemas como resistencia a la insulina o diabetes tipo 2.
El consumo frecuente de bebidas azucaradas también contribuye al aumento de peso y puede afectar negativamente a la salud dental, provocando caries y destrucción del esmalte.

Además, los zumos, especialmente los que se compran en las tiendas, suelen pasar por un proceso de procesamiento durante el cual se pierden importantes nutrientes y vitaminas.
Estos jugos pueden contener aditivos, conservantes y saborizantes artificiales, que reducen sus beneficios y pueden tener efectos negativos en el organismo.
Algunos jugos pueden estar enriquecidos artificialmente con vitaminas, pero esto no siempre compensa la pérdida de nutrientes.
Otro aspecto a considerar es que los jugos no contienen la fibra que se encuentra en las frutas y verduras enteras.
La fibra juega un papel importante en la digestión y ayuda a mantener la sensación de saciedad, y su ausencia puede contribuir a comer en exceso y al consumo insuficiente de otros nutrientes importantes.
Algunas personas pueden experimentar reacciones alérgicas o intolerancia a ciertas frutas y verduras utilizadas en jugos.
Por ejemplo, los jugos de cítricos pueden causar reacciones en personas con alergias a los cítricos y los jugos de algunas bayas pueden estar contraindicados para ciertas afecciones médicas.